9.2 Healthy ranges

Our collection of 94 samples we have determined are from healthy people shows the following ranges for the top 20 genera:

A complete list of all species ever found in my gut is in the supplemental materials.

Can I learn anything special about differences between healthy and unhealthy people? Let’s look at outliers (Figure ??)

Table 9.1: Outliers for Unhealthy people
taxa max min median mean sd Unhealthy
Acetanaerobacterium 0.005 0.000 0.000 0.000 0.001 0.023
Acetatifactor 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002
Acidaminococcus 0.652 0.000 0.000 0.013 0.072 3.612
Actinobacillus 0.045 0.000 0.000 0.001 0.006 0.491
Actinotignum 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.003
Adlercreutzia 0.371 0.000 0.031 0.070 0.088 0.600
Aggregatibacter 0.029 0.000 0.000 0.001 0.004 0.057
Alloprevotella 7.902 0.000 0.000 0.131 0.855 15.857
Anaerobacter 0.109 0.000 0.000 0.001 0.011 0.115
Anaerofilum 0.024 0.000 0.000 0.002 0.005 0.038
Anaeroglobus 0.010 0.000 0.000 0.000 0.001 0.022
Anaerovorax 0.054 0.000 0.000 0.002 0.008 0.078
Aquabacterium 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.005
Arcanobacterium 0.008 0.000 0.000 0.000 0.001 0.026
Bacteroides 53.846 0.367 18.363 20.197 12.375 75.396
Bradyrhizobium 0.005 0.000 0.000 0.000 0.001 0.053
Butyricicoccus 0.191 0.000 0.000 0.005 0.025 0.270
Butyrivibrio 6.165 0.000 0.000 0.216 0.793 8.424
Candidatus Soleaferrea 0.074 0.000 0.003 0.006 0.010 0.093
Candidatus Stoquefichus 0.054 0.000 0.000 0.003 0.010 0.261
Catabacter 0.012 0.000 0.000 0.001 0.002 0.017
Christensenella 0.004 0.000 0.000 0.000 0.001 0.005
Citrobacter 0.075 0.000 0.000 0.002 0.010 0.145
Clostridium 2.770 0.000 0.644 0.828 0.564 5.810
Collinsella 6.515 0.006 1.321 1.751 1.333 8.178
Coprobacillus 0.012 0.000 0.000 0.000 0.002 0.100
Cronobacter 0.054 0.000 0.000 0.002 0.007 0.890
Curvibacter 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.023
Dermabacter 0.064 0.000 0.000 0.004 0.013 0.088
Desulfotomaculum 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Dialister 4.603 0.000 0.030 0.502 0.943 5.743
Dielma 0.102 0.000 0.000 0.005 0.013 0.330
Dorea 4.866 0.066 1.159 1.382 0.972 9.236
Eggerthella 0.269 0.000 0.006 0.028 0.050 0.841
Eikenella 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.055
Elusimicrobium 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.019
Enterobacter 4.974 0.000 0.000 0.180 0.723 11.714
Enterococcus 0.161 0.000 0.000 0.009 0.034 29.177
Epulopiscium 0.075 0.000 0.000 0.001 0.008 0.129
Facklamia 0.518 0.000 0.000 0.017 0.072 1.273
Fibrobacter 0.072 0.000 0.000 0.005 0.015 0.437
Flavobacterium 0.784 0.000 0.000 0.124 0.214 1.101
Fusobacterium 1.267 0.000 0.000 0.031 0.165 1.425
Gallibacterium 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002
Gemella 0.040 0.000 0.000 0.001 0.005 0.132
Granulicatella 0.042 0.000 0.000 0.003 0.006 0.088
Haemophilus 0.396 0.000 0.000 0.030 0.072 6.084
Hafnia 0.073 0.000 0.000 0.001 0.008 0.194
Holdemania 0.070 0.000 0.006 0.008 0.011 0.121
Intestinimonas 0.868 0.000 0.060 0.108 0.148 0.991
Klebsiella 1.572 0.000 0.000 0.033 0.173 4.950
Kluyvera 16.922 0.000 0.034 0.755 2.366 24.345
Kocuria 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.005
Lachnoanaerobaculum 0.002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002
Lachnospira 7.017 0.000 0.553 1.076 1.313 10.101
Lactobacillus 2.847 0.000 0.012 0.186 0.539 4.413
Lactonifactor 0.186 0.000 0.000 0.010 0.028 0.368
Leptotrichia 0.008 0.000 0.000 0.000 0.001 0.011
Megasphaera 2.235 0.000 0.001 0.106 0.354 4.894
Methanobrevibacter 3.309 0.000 0.000 0.369 0.772 3.569
Methylobacterium 0.006 0.000 0.000 0.000 0.001 0.021
Murdochiella 2.642 0.000 0.002 0.120 0.361 9.210
Nosocomiicoccus 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.051
Olsenella 0.086 0.000 0.000 0.004 0.014 0.099
Oscillibacter 0.499 0.000 0.017 0.078 0.120 0.666
Oscillospira 0.660 0.000 0.025 0.063 0.119 1.394
Papillibacter 0.143 0.000 0.000 0.005 0.017 0.159
Paraprevotella 4.565 0.000 0.000 0.256 0.767 5.652
Parvibacter 0.037 0.000 0.000 0.003 0.007 0.039
Pasteurella 0.253 0.000 0.000 0.003 0.026 1.610
Pediococcus 0.010 0.000 0.000 0.000 0.001 0.202
Peptostreptococcus 2.837 0.000 0.000 0.102 0.400 3.225
Phascolarctobacterium 2.437 0.000 0.357 0.526 0.612 4.569
Phyllobacterium 0.020 0.000 0.000 0.001 0.003 0.055
Prevotella 6.897 0.000 0.027 0.491 1.262 16.886
Propionibacterium 0.045 0.000 0.000 0.002 0.006 0.266
Pseudobutyrivibrio 7.491 0.114 1.800 2.280 1.600 8.839
Rahnella 0.006 0.000 0.000 0.000 0.001 0.328
Ruminiclostridium 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
Scardovia 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.005
Sedimentibacter 0.015 0.000 0.000 0.000 0.002 0.038
Shuttleworthia 0.096 0.000 0.000 0.007 0.017 0.430
Solobacterium 0.357 0.000 0.000 0.004 0.037 0.402
Sphaerochaeta 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.038
Sporobacter 0.041 0.000 0.000 0.004 0.009 0.075
Streptococcus 8.210 0.000 0.133 0.486 1.247 9.320
Syntrophococcus 0.038 0.000 0.000 0.001 0.006 0.050
Terrisporobacter 0.700 0.000 0.073 0.150 0.183 1.900
Trichococcus 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
Ureaplasma 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
Veillonella 0.261 0.000 0.001 0.016 0.036 2.070
Victivallis 0.562 0.000 0.000 0.044 0.107 1.069
Weissella 0.039 0.000 0.000 0.001 0.005 2.881

The “Unhealthy” column shows the largest abundance seen in an unhealthy person. Mean and median values for healthy people might be much lower, but to be on this chart the unhealthy person must have a number above that range.